A F�ld�n �j, gyilkos faj jelenik meg, mely agressz�van �s brut�lisan pr�b�l elterjedni, �s az emberis�g hely�re l�pni Isten kiv�lasztottjak�nt: a "diclonius"-ok. A faj k�pvisel�i teljesen emberszer�ek, azzal a k�l�nbs�ggel, hogy kis szarvaik vannak, �s puszt�t� l�thatatlan karjaik, melyek a h�tukb�l n�nek ki, �s amelyekkel a k�zel�kben l�v� �l�l�nyek �let�t hihetetlen gyorsas�ggal �s kegyetlens�ggel k�pesek kioltani. Emiatt a veszedelmes er� miatt egy szervezet a dicloniusokat m�g sz�let�s�k ut�n meg�li, illetve elfogja �ket, �s laborat�riumukban k�s�rletez�sek sorozat�nak vetik al� �ket.
Miut�n Lucy, egy fiatal n�nem� diclonius elszabadul a laborat�riumb�l, k�t tizen�ves, Kouta, �s unokatestv�re, Yuka tal�lnak r� a tengerparton. Szerencs�j�kre Lucy kett�s szem�lyis�ggel rendelkezik: gyilkos �nje helyett egy gyermeteg, besz�dre is k�ptelen, v�dtelen kisl�nyt l�tnak benne a fiatalok, akik hazaviszik magukkal a j�vev�nyt. Az egyetlen sz�, amit a l�ny ki tud mondani: "Nyuu", ez�rt �gy nevezik el. De mint kider�l, Lucy val�di �nje nem halt meg, �gy h�seink hamarosan v�res puszt�t�s k�zep�n tal�lj�k magukat, �s lassank�nt f�ny der�l a dicloniusok titk�ra, valamint Lucy �s Kouta m�ltj�ra is...

Az Elfen Lied egyike azon anim�knek, amik a legjobban megosztj�k a n�z�k v�lem�ny�t, ami nem is csoda, hiszen a sorozat brutalit�s-, v�r-, �s ecchi szintje kiemelked�en magasnak sz�m�t, ami r�ad�sul furcsa ellent�tet k�pez a gyerekes karakterekkel �s a t�rt�netbe belesz�tt szerelmi sz�llal.
A t�rt�net lassank�nt felt�rja a szerepl�k m�ltj�t, �s kapcsolataikat, id�nk�nt vid�m - f�leg ecchi po�nokra alapozott - pillanatok hivatottak oldani a fesz�lts�get, a sorozat d�nt� h�nyad�ban azonban a dr�mai sz�l domin�l. A durva, r�szletesen �br�zolt v�res �s er�szakos jelenetek - melyeket sok esetben a n�i karakterek meztelens�ge is k�s�r - gondoskodnak arr�l, hogy a n�z�k v�lem�nye sz�ls�s�gesen megosztott legyen a sorozatr�l.